Salah satu bentuk kegiatan unggulan di SMA Khadijah Surabaya yang sampai saat ini masih menjadi komponen penting di antaranya adalah kemampuan dan konsistensi untuk terus mempertahankan pola pengajaran dan pendidikan agama yang berbasis pada kurikulum terpadu (Diknas, Kemenag, LP Maarif, dan YTPS NU “Khadijah”).
Diantara mata pelajaran yang diajarkan mulai dari tingkat dasar sampai dengan tingkat menengah adalah : Ilmu Al-Quran, Ilmu Hadits, Ilmu Tafsir, Ilmu Mustholahul Hadits, Akidah dan Akhlaq, Ilmu Fiqh & Ilmu Ushul Fiqh, Ilmu Faroid, Tarikh Islam, Pendidikan Ahlussunnah wal Jamaah, Tartil Al-Quran